Inside Karnataka’s COVID-19 Genomic Surveillance Committee Tracking Omicron

Omicron variant of COVID-19

SAfrika Selatan telah mendeteksi varian baru virus COVID-19. Sesuai penelitian mereka, jumlah mereka yang terinfeksi oleh varian baru ini melampaui varian Delta sebelumnya hanya dalam dua minggu.

Pada tanggal 26 November, Organisasi Kesehatan Dunia (WHO) menetapkan varian baru (B.1.1.529) sebagai ‘varian yang menjadi perhatian’, bernama Omicron.

Sebagai tanggapan, Pemerintah India telah mengamanatkan rencana aksi yang akan dibuat oleh Komite Pengawasan Genom yang baru-baru ini dibentuk di Bengaluru, Karnataka.

Komite Genomic Surveillance diharapkan dapat membantu Gugus Tugas COVID-19 Karnataka dalam mengambil keputusan untuk mengendalikan pandemi. Komite akan bekerja dengan pakar dan institusi kesehatan masyarakat untuk menghasilkan data pengawasan dan mengembangkan protokol kesehatan masyarakat di tingkat negara bagian.

Hasil lain dari panitia adalah melakukan validasi dan kalibrasi tes RT-PCR di seluruh virus mutan.

Ketua komite yang beranggotakan delapan orang adalah Dr Ravi V, petugas State Nodal.

“WHO pertama-tama mengklasifikasikan jenis virus baru sebagai ‘varian yang sedang diselidiki’, kemudian ‘varian yang diminati’ dan kemudian ‘varian yang menjadi perhatian’, tergantung pada perilakunya. Tetapi dalam rentang waktu dua minggu, mereka telah mengklasifikasikan ini sebagai varian dari kekhawatiran, yang mengejutkan dunia, ”kata Dr Vishal Rao, anggota komite dan kepala Onkologi Bedah Kepala dan Leher dan Bedah Robotik di HCG. Pusat Kanker.

Butuh beberapa bulan bagi varian Delta untuk diberi label sebagai varian yang menjadi perhatian. Jadi, alasan eskalasi ini, kata Dr Vishal, karena varian ini berpotensi menularkan penyakit.

Di Botswana, strain virus ini telah menggantikan Delta antara 11 November hingga 24 November. Ini menunjukkan “potensinya untuk menggantikan replikasi dan potensi transmisi Delta dalam hal R-naught dari virus”.

R-naught mewakili, rata-rata, jumlah orang yang diharapkan dapat menularkan penyakit itu kepada satu orang yang terinfeksi.

Dr Vishal mengatakan ini mirip dengan ‘fenomena kunci dan gembok’.

“Katakanlah strain pertama yang berasal dari Wuhan (D614G) ditularkan dengan merusak kunci baja dan sistem kunci. Varian yang lebih baru menggunakan versi modifikasi dari kunci dan kunci silikon dan sekarang, jenis terbaru, menggunakan biometrik. Cara virus memasuki paru-paru menjadi lebih cepat.”

“Strain pertama membutuhkan waktu dua minggu untuk masuk dan memanifestasikan dirinya. Kami memperkirakan strain baru ini akan memakan waktu lebih sedikit, ”tambahnya.

Berbicara tentang gejala, Dr Vishal mengatakan varian memiliki “gejala klasik yang bergerak dengan cara yang jauh lebih cepat”.

Khasiat Vaksin?

Perhatian utama tetap tentang kecepatan Omicron menggantikan Delta.

Iklan

Spanduk Iklan

Lebih lanjut, Omicron membawa lebih banyak mutasi pada protein lonjakannya dan dikatakan menghindari kekebalan vaksin.

“Penelitian telah dilakukan pada partikel virus sintetis dengan beberapa mutasi, yang memiliki potensi lolos dari vaksin untuk mencegah netralisasi sistem kekebalan tubuh,” kata Dr Vishal, menambahkan, “Para peneliti sekarang telah menemukan bahwa Omicron tampaknya lebih berbahaya jika dibandingkan dengan obat kuat seperti itu. virus sintetis.”

Kemanjuran vaksin hanya sampai 60 persen terhadap varian Delta, katanya.

Dia mendesak, “Kecuali Tim Pengawasan Genomik di seluruh negeri meningkatkan permainan mereka, kami tidak akan bisa berhadapan langsung dengan virus.”

“Kami saat ini dalam perlombaan antara vaksinasi dan varian, di mana kami ingin yang pertama menang. Tetapi secara global, kita tenggelam dalam masalah ketidaksetaraan vaksin. Saat ini, adalah bijaksana untuk melihat bagaimana mengatasi masalah ini di tingkat global sambil juga memantau urutan genom secara aktif setiap hari, ”katanya.

Melacak Virus

bandara virus corona;  Flickr
Gambar representatif; Sumber foto: Flickr

Sekitar 94 penumpang dari Afrika Selatan memasuki Karnataka selama beberapa minggu terakhir. Di antara mereka, Dr Vishal mengatakan, “Lima telah dites positif COVID-19 dan tiga di antaranya telah diurutkan sebagai Delta dan dua lainnya akan kita ketahui dalam satu atau dua hari lagi.”

“Komite Pengawasan Genomik dengan cepat melihat sekuensing lebih banyak sampel untuk memberikan pembaruan rutin kepada BBMP (Bruhat Bengaluru Mahanagara Palike) dan Pemerintah Negara Bagian Karnataka pada urutan yang kami lihat,” tambahnya.

Ada 118 sub-garis keturunan dari varian Delta, 18 di antaranya telah ditemukan di India. Menjelaskan kerja komite, dia berkata, “Kami melihat bentuk-bentuk baru dari garis keturunan ini muncul, dan kami mencoba melacak masing-masing dari mereka.”

“Sampai sekarang, kami belum melihat situasi yang mengkhawatirkan. Tapi kita masih menghadapi ancaman yang akan datang terhadap kehidupan itu sendiri,” dia memperingatkan.

Dia menambahkan, “Komunitas klinis secara teratur memantau kesehatan 90 penumpang lainnya dari Afrika Selatan. Hingga saat ini yang kami ketahui adalah mereka semua dalam keadaan sehat dan sedikit bergejala. Namun, yang dikhawatirkan oleh ahli genetika, ahli virus, dan ahli epidemiologi adalah ketika virus mencapai titik kritis, ia akan mengubah perilaku biologisnya menjadi fenotipe yang agresif.”

“Kami juga melihat pemahaman urutan genom dari pola virus ini untuk memprediksi beberapa perilaku biologis berdasarkan data bioinformatika. Dengan Delta, tiba-tiba muncul Black Fungus, jadi kami mencari elemen lain yang dapat diaktifkannya saat berada di ekosistem manusia, ”katanya.

Di seluruh dunia, varian Omicron telah terdeteksi di Australia, Italia, Jerman, Belanda, Inggris, Israel, Hong Kong, Botswana, Belgia, Swiss, dan Kanada.

“Terlalu dini untuk berbicara tentang kemenangan melawan COVID. Kita perlu bergerak menuju transmisi perilaku yang tepat. Di seluruh dunia, dosis ketiga [of the vaccine] tampaknya sudah dekat,” simpul Dr Vishal.

(Diedit oleh Vinayak Hegde)

Author: Aaron Ryan